O autor da série, Masashi Kishimoto, primeiro autorizou o one-shot de Naruto em Agosto de 1997 na revista Akamaru Jump.[2][3] O Naruto original tinha uma temática significante de amizade e confiança. No início da história, nem Naruto e nem Kuroda confiavam em ninguém, mas no final os dois se tornam amigos e passam a confiar um no outro. Apesar dos bons resultados na pesquisa com leitores depois do lançamento, Kishimoto pensou: "a arte está ruim e a história uma bagunça!". Kishimoto também revelou que ele estava originalmente trabalhando no Karakuri para o Hop Step Award quando, insatisfeito com as mudanças da história, decidiu trabalhar em algo diferente, o que o levou a criar Naruto.
Quando estava criando a história de Naruto, Kishimoto olhou para outros mangás shonen para influenciar o seu trabalho, apesar dele tentar tornar seus personagens serem únicos o máximo possível.[4] A separação dos personagens em diferentes times teve a intenção de dar a cada grupo um sabor especial. Kishimoto queria que cada membro fosse "extremo", tendo uma grande quantidade de aptidão em um atributo mas não tendo talento em outro.[5] A inserção dos vilões na história foi principalmente para agir como contra-partes para os valores morais dos personagens. Kishimoto admitiu que esse foco em ilustrar as diferenças de valores nos vilões foi tão importante na hora da criação dos vilões que "Eu não pensei realmente como eles seriam em combate".[6] Quando desenhava os personagens, Kishimoto seguiu um processo de cinco partes que ele seguia continuamente: "concept and rough sketch, drafting, inking, shading, and coloring". Esses passos foram usados quando ele desenhou o mangá atual e fez as ilustrações coloridas dos tankobon, as capas da Weekly Shonen Jump, e outras medias, mas as ferramentas que ele usava mudavam ocasionalmente.[7] Por exemplo, ele usou um "airbrush" em uma ilustração para uma capa da Weekly Shonen Jump, mas decidiu não usar mais para desenhos futuros por causa da grande quantidade de correções que era necessário.[8]
Kishimoto também falou que, mesmo com Naruto se passando em um "mundo de fantasia", o criador precisa definir algumas regras para ele poder criar a história mais facilmente. Kishimoto queria representar a tradição do zodíaco chinês, que tem uma grande presença no Japão, assim criando os símbolos com as mãos usados para fazer os jutsus. Quando Kishimoto estava criando o cenário da série ele inicialmente se concentrou em fazer o design da Vila da Folha, o ambiente inicial da série. Kishimoto falou que o design da Vila da Folha foi criado "bem espontaneamente sem muitas reflexões", apesar dele admitir que o cenário é baseado na sua casa na Prefeitura de Okayama no Japão. Sem ter um período de tempo específico, Kishimoto incluiu elementos modernos na série como lhe convinha, mas especificamente excluindo as armas projéteis e os veículos. Para o material de referência, Kishimoto fez sua própria pesquisa na cultura japonesa e as incluiu em seu trabalho.[9] Quanto a tecnologia, Kishimoto falou que Naruto não teria armas de fogo. Ele disse que talvez incluisse automóveis, aviões, e computadores com pouco poder de processamento.[10]
Kishimoto também falou que ele já tem uma idéia visual do último capítulo da série, incluindo o texto e a história. Mas ele disse que pode demorar um bom tempo para a série acabar já que "ainda tem tantas coisas que precisam ser resolvidas".
